Vergleichende Genomik

Evolutionäre Populationsgenomik von Pathogenen und Wirten

Institution: Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung

In einer Laborsituation sind Gesundheit und Krankheit von Pflanzen hauptsächlich von den Resistenzfaktoren der Pflanzen und den Virulenzfaktoren der Krankheitserreger bestimmt. In der Natur ist die Situation jedoch komplexer: Auch potenziell anfällige Pflanzen werden in der Regel nicht infiziert, während manchmal auch resistente Pflanzen Anzeichen einer Infektion zeigen können. Ziel unseres Projektes ist es, die Populationsstruktur von Pflanzen und Pathogenen zu klären und die modifizierende Wirkung von pflanzen- und mikrobenassoziierten Mikrobiomen für das Ergebnis von Pflanzen-Pathogen-Interaktionen zu erfassen.

TBG Projekt-Team

  • Marco Thines
  • Bagdevi Mishra
  • Sakshi Bharti
  • Ali Tahir
  • Sebastian Ploch (labmanager)

expertise / MethodEN

  • Genomassemblierungen einschließlich Hybridassemblierungen, Integration von Longrange-Informationen, unter Verwendung verschiedener Daten und Plattformen (z. B. illumina, PacBio, nanopore, 10x)
  • Transkriptom-Assemblierungen mit verschiedenen Ansätzen
  • Genom-Annotation
  • Vergleichende Genomik
  • Phylogenomik
  • Funktionelle Analyse von Genen mittels genetischer Manipulation
  • Bioinformatik (eigene Skripte, einfachere Programme, Webinterface)

PUBLIKATIONEN

Mishra B, Ploch S, Runge F, et al. (2020). The genome of Microthlaspi erraticum (Brassicaceae) provides insights into the adaptation to highly calcareous soils. Frontiers in Plant Science, 11, 943.

Thines M, Sharma R, Rodenburg SY, et al. (2020). The genome of Peronospora belbahrii reveals high heterozygosity, a low number of canonical effectors, and TC-rich promoters. Molecular Plant-Microbe Interactions, 33(5), 742-753.