Naturstoffgenomik, Vergleichende Genomik

Animal Venomics

Institution: Institut für Insektenbiotechnologie, Fraunhofer IME/JLU Gießen

Von den über 1,2 Millionen bekannten Tierarten gelten rund 200.000 als giftig. Das heißt, sie produzieren Gifte, um sich gegen Feinde zu verteidigen oder ihre Beute zu töten. Diese Gifte können Hunderte verschiedene Wirkstoffe enthalten, die in reiner Form als Toxine bezeichnet und in der Regel von Giftdrüsen produziert werden. Konservative Schätzungen gehen davon aus, dass in den Giftdrüsen von allen giftigen Tierarten zusammengenommen bis zu 20 Millionen verschiedene Moleküle produziert werden, von denen bis heute allerdings nur rund 16.000 genauer untersucht wurden. Gegenwärtig sind 18 Medikamente auf dem Markt, die aus Wirkstoffen von Gifttieren resultieren. Weitere werden in klinischen Studien getestet. Damit repräsentieren Tiergifte eine unzureichend erschlossene Bioressource für die Wertschöpfung und die Entwicklung von neuen Medikamenten. Die Gewinnung von Reinsubstanzen, die aus komplexen Giftcocktails isoliert werden müssen, ist jedoch sehr aufwendig. Deshalb ist es zielführend, das Genom bzw. das Transkriptom von Giftdrüsen zu sequenzieren, um mithilfe von bioinformatischen Methoden die Gene zu identifizieren, die für Toxine kodieren.

Im Projekt Animal Venomics werden moderne genomische, transkriptomische und proteomische (Omics-)Methoden mit innovativen, bioinformatischen Werkzeugen kombiniert eingesetzt. Dadurch können die in den Giftdrüsen produzierten Toxine in einem stringent translationalen Ansatz gezielt identifiziert und charakterisiert werden. Ausgewählte Kandidaten-Moleküle werden entweder synthetisch (kleinere Peptide) oder rekombinant (Proteine) in geeigneten Expressionssystemen hergestellt, um innerhalb des TBG-Konsortiums auf ihre mögliche Wirkung getestet zu werden.

Fotos: Tim Lüddecke


TBG PROJEKT-TEAM​

  • Prof. Dr. Andreas Vilcinskas (PI)
  • Dr. Tim Lüddecke (PI)
  • Dr. Anne Paas
  • Sabine Hurka 
  • Lennart Schulte
  • Ludwig Dersch 
  • Josephine Dresler 
  • Hanna Dambeck

 

EXPERTISE / METHODEN

  • Genomik, Transkriptomik, Proteomik ( In-house Pipeline)
  • Expression von Tiergiften Bioassays, Aktivitätstests
  • Evolutionäre Venomik
  • Evolution, Phylogenie, Phylogenomik
  • Expression von Tiergiften: rekombinante Produktion, zellfreie Expression, Bioassays
  • HPLC- und UHPLC-basierte Massenspektrometrie (Zusammenarbeit mit Christoph Hartwig, Fraunhofer IME, Gießen)
  • LC-MALDI-Kopplung und Lokalisation von Disulfidbrücken (mit der Gruppe von Günter Lochnit, Institut für Biochemie, Gießen)

ANALYSIERTE GENOME ORGANISMEN

Organismen als Bioressourcen

  • Hymenopteren (Aculeate und Solitärwespen), Raubfliegen, Raubwanzen, Remipedia Krebse, Marine Invertebraten (Remipede Krebse, Polychaeten), Spinnen, Tausendfüßer, Medizinische Blutegel, Meeres- und Süßwasserfische (Amazonas-Krötenfisch, Stachelrochen)

Organismen – Projektbezogen

  • Genomesequenziert, Assemblierung/Annotation wird abgeschlossen:
    1. Pimpla turionella
    2. Vespula vulgaris (Hautflügler) 
    3. Dasypogon diadema
    4. Eutolmus rufibarbis (Raubfliegen)

    Hybridsequenzierung mit Illumina, PacBio (fertig) und Nanpore (in Arbeit). Für alle 4 Arten ist komplementäres Giftdrüsen-Transkriptomik und Proteomik fertig und wird analysiert.

PUBLIKATIONEN

Lüddecke T, Herzig V, von Reumont BM, Vilcinskas A (2021): The biology and evolution of spider venoms. Biol Rev Camb Philos Soc. doi: 10.1111/brv.12793

von Reumont BM, Lüddecke T, Timm T, et al. (2020). Proteo-transcriptomic analysis identifies potential novel toxins secreted by the predatory, prey-piercing ribbon worm Amphiporus lactifloreus. Marine Drugs, 18(8),407.

Lüddecke T, von Reumont BM, Förster F, et al. (2020a). An economic dilemma between molecular weapon systems may explain an arachno-atypical venom in wasp spiders (Argiope bruennichi). Biomolecules, 10(7),978.

Özbek R, Mukherjee K, Uçkan F, and Vilcinskas A (2020). Reprograming of epigenetic mechanisms controlling host insect immunity and development in response to egg-laying by a parasitoid wasp. Proceedings of the Royal Society B: Biological Science, 287, 20200704.

Modica MV, Ahmad R, Ainsworth S, et al. (2020). The new COST Action European Venom Network (EUVEN)—synergy and future perspectives of modern venomics. GigaScience, (10)3.

Özbek R, Wielsch N, Vogel H, et al. (2019). Proteo-transcriptomic characterization of the venom from the endoparasitoid wasp Pimpla turionellae with aspects on its biology and evolution. Toxins, 11(12), 721.

Mehr zum Thema

In:  Hessen schafft Wissen – Audio Podcast Episode 73 „Björn von Reumont. Evolutionsbiologie: Tiere und ihr giftiges Wettrüsten“ – 12. Oktober 2021

In: SWR, Planet Wissen, “Die heilende Kraft der Tiere“ (Interview mit Prof. Dr, Andreas Vilcinskas) – Video: (Min: 35:00), Juli 2021

„Tiergifte und Genomik: Tiergifte als Bioressource für neue Medikamente“
Vortrag von Prof. Andreas Vilcinskas im Rahmen der Senckenberg Vortragsreihe: „Bauplan der Natur. Wie Wie Genomik unseren Blick auf die biologische Vielfalt revolutioniert“ – 28. April 2021