Funktionale Umweltgenomik
Einfluss anthropogener Substanzen auf die Keimzellmutationsrate (Mutagenitätstest)
Institution: Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung
Mutagenitätstests in der Ökotoxikologie werden momentan mit Prokaryoten oder einzelligen Eukaryoten durchgeführt oder schließen aus phänotypischen Veränderungen auf einen mutagenen Effekt. Angesichts der weitgehend unterschiedlichen Mutations- und Reparaturmechanismen ist eine Übertragung auf mehrzellige Eukaryoten (inkl. des Menschen) fragwürdig und bisher ungetestet. Die Entwicklung einer neuen Methode erlaubt es bei vertretbarem Aufwand, den Einfluss von Substanzen auf die Mutationsrate zu messen. Das genomweite Screening verspricht eine wesentlich höhere Sensitivität bei der Mutagenitätsbewertung als herkömmliche Tests. Ziel ist es, eine neue Dimension der ökotoxikologischen Bewertung anthropogener Substanzen zu testen und ggf. im Rahmen der ISO zu etablieren.
TBG PROJEKT-TEAM
- Prof. Dr. Markus Pfenninger (PI)
- Dr. Halina Binde-Doria (TBG-Postdoc)
- Jun.-Prof. Dr. Ann-Marie Waldvogel (affiliated)
EXPERTISE / METHODEN
- Umweltbezogene Studien
- Ökologische und evolutionäre Experimente
- Populationsgenomik
- NGS-Techniken zur Erstellung von Referenzgenomen aus Nicht-Modellorganismen
- Re-Sequenzierung von Individuen und/oder Populationspools
PUBLIKATIONEN
A multigenerational approach can detect early Cd pollution in Chironomus riparius
Halina Binde Doria, Markus Pfenninger
Chemosphere, August 2020
A High-Quality Genome Assembly from Short and Long Reads for the Non-biting Midge Chironomus riparius (Diptera)
Hanno Schmidt, Sören Lukas Hellmann, Ann-Marie Waldvogel, Barbara Feldmeyer, Thomas Hankeln, Markus Pfenninger:
G3-Genes Genomes Genetics, February 2020
Temperature-dependence of spontaneous mutation rates
AM Waldvogel, M Pfenninger
Genome Research, gr. 275168.120
Measuring mutagenicity in ecotoxicology: A case study of Cd exposure in Chironomus riparius
HB Doria, AM Waldvogel, M Pfenninger
Environmental Pollution 272, 116004
Spontaneous rate of clonal mutations in Daphnia galeata
M Pfenninger, H Binde-Doria, J Nickel, A Thielsch, K Schwenk, …
bioRxiv
Beiträge zu anderen Projektbereichen innerhalb von TBG
De novo Genome Assembly of the Raccoon Dog (Nyctereutes procyonoides)
LJ Chueca, J Kochmann, T Schell, C Greve, A Janke, M Pfenninger, …
Frontiers in genetics 12, 559
Whole-genome re-sequencing data to infer historical demography and speciation processes in land snails: the study of two Candidula sister species
LJ Chueca, T Schell, M Pfenninger
Phil. Trans. R. Soc. B 376 (doi/10.1098/rstb.2020.0156)
Little parallelism in genomic signatures of local adaptation in two sympatric, cryptic sister species
J Hartke, AM Waldvogel, PP Sprenger, T Schmitt, F Menzel, M Pfenninger, …
Journal of Evolutionary Biology
Precise estimation of genome size from NGS data
M Pfenninger, P Schönnenbeck, T Schell
bioRxiv
A chromosome-level genome assembly of the European Beech (Fagus sylvatica) reveals anomalies for organelle DNA integration, repeat content and distribution of SNPs
B Mishra, B Ulaszewski, J Meger, M Pfenninger, DK Gupta, S Wötzel, …
bioRxiv
tbg-a new file format for genomic data
P Schönnenbeck, T Schell, S Gerber, M Pfenninger
bioRxiv
Climate change genomics calls for standardized data reporting
AM Waldvogel, D Schreiber, M Pfenninger, B Feldmeyer
Frontiers in Ecology and Evolution 8, 242
Hybridization dynamics and extensive introgression in the Daphnia longispina species complex: new insights from a high-quality Daphnia galeata reference genome
JH Nickel, T Schell, T Holtzem, A Thielsch, SR Dennis, B Schlick-Steiner, …
bioRxiv
De novo genome assembly of the land snail Candidula unifasciata (Mollusca: Gastropoda)
LJ Chueca, T Schell, M Pfenninger
bioRxiv
Genomic divergence landscape in recurrently hybridizing Chironomus sister taxa suggests stable steady state between mutual gene flow and isolation
D Schreiber, M Pfenninger
Evolution Letters
Weißbach, Stephan, et al.
BMC genomics, 2021, 22. Jg., Nr. 1, S. 1-15.
Climate change genomics calls for standardized data reporting
AM Waldvogel, D Schreiber, M Pfenninger, B Feldmeyer
Frontiers in Ecology and Evolution 8, 242
Range-wide patterns of human-mediated hybridisation in European wildcats
A Tiesmeyer, L Ramos, JM Lucas, K Steyer, PC Alves, C Astaras, M Brix, …
Conservation Genetics 21 (2), 247-260
Combining environmental DNA and species distribution modeling to evaluate reintroduction success of a freshwater fish
M Riaz, M Kuemmerlen, C Wittwer, B Cocchiararo, I Khaliq, M Pfenninger, …
Ecological Applications 30 (2), e02034
Hybrid genome assembly of a neotropical mutualistic ant
J Hartke, T Schell, E Jongepier, H Schmidt, PP Sprenger, J Paule, …
Genome biology and evolution 11 (8), 2306-2311
Environmental DNA time series in ecology
M Balint, M Pfenninger, HP Grossart, P Taberlet, M Vellend, MA Leibold, …
Trends in Ecology & Evolution 33 (12), 945-957
The genomic footprint of climate adaptation in Chironomus riparius
AM Waldvogel, A Wieser, T Schell, S Patel, H Schmidt, T Hankeln, …
Molecular ecology 27 (6), 1439-1456