TBG Bioinformatik
Dr. Evgeny Leushkin, Dr. Tilman Schell, Christoph Sinai
Das TBG-Bioinformatik-Team unterstützt alle Schritte eines TBG-Genomsequenzierungsprojektes. So gibt es zum Beispiel Support für Wissenschaftler*innen bei der Planung von Projekten, der Auswahl geeigneter Analyse-Pipelines sowie beim individuellen Datenmanagement von Probe bis hin zum Genom. Das Team richtet auch neue Pipelines ein zugeschnitten auf die Anforderungen der wissenschaftlichen Projekte.
Mit einer fundierten Expertise in bioinformatischer Programmierung, Proben-Tracking und Datenbankpflege begleitet das Bioinformatik-Team gesamte TBG-Projekte, führt eigenständige Analysen durch oder vermittelt Wissenschaftler*innen die Grundlagen zur Durchführung eigener Analysen.
Das TBG-Bioinformatik-Team bietet insbesondere folgende Unterstützung an:
- Beratung, Planung und Assemblierung von genomischen und transkriptomischen Daten, die aus NGS stammen
- Annotation von genomischen Merkmalen und Genomvergleichen
- Entwicklung von Bioinformatik-Software und Pipelines
- Expertise zur Durchführung von Sequenzierprojekten in verschiedenen taxonomischen Gruppen
Die TBG-Bioinformatik ist mit zwei modernen Rechenclustern ausgestattet: Deepfry und Delta. Sie stellen die erforderlichen Rechenressourcen für alle TBG-internen Projekte bereit. Deepfry hat ein innovatives Öl-Immersionskühlsystem, das den Energiebedarf drastisch reduziert.
Die Cluster, die insgesamt etwa 2500 CPU-Kerne, 22,5 TB Speicher und 650 TB Hochleistungsspeicher umfassen, sind skalierbar und nutzen ein hochmodernes Workload-Management-System.
Um sicherzustellen, dass alle TBG-Projekte mit höchster Effizienz durchgeführt werden können, stellt das Bioinformatik-Team einen ständig wachsenden Pool an ready-to-use Software (250+ ab Juli 2021) zur Verfügung und bietet Support für alle computerbezogenen Fragen.
Für eine formlose Anfrage können Sie das Bioinformatik-Team auch per Mail erreichen unter: bioinformatics@senckenberg.de
Team:
Dr. Evgeny Leushkin evgeny.leushkin@senckenberg.de
Dr. Tilman Schell tilman.schell@senckenberg.de
Christoph Sinai Christoph.sinai@senckenberg.de