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Strategien zur Optimierung der Genflussanalyse in der Artbildung am Beispiel von Giraffen, Bären, Walen und Seehunden
Axel Janke
Zusammenfassung
In diesem Projekt werden wir die Genome mehrerer Säugetiere sequenzieren, um zu untersuchen wie sich Arten auf der Sequenz-Ebene unterscheiden. Besonders Methoden wie D-stat, Phylonet, D-foil, CoalHMM werden zeigen, wie vergangener und aktueller Genfluss oder sein Fehlen die Artbildung beeinflussen.
Zu Beginn werden wir uns auf bereits laufende Projekte mit Giraffen, Bären und Seehunden konzentrieren. Für diese taxonomischen Gruppen ist der Genfluss dokumentiert bzw. er wird angenommen. Die neuen Erkenntnisse werden auch mit Hilfe von alternativen Darstellungen von evolutiven Prozessen, wie z.B. Netzwerken anstelle von bifurkalen Bäumen, untersucht.
Bislang wurden Studien der Vergleichenden Genomik nur mit einigen wenigen Individuen vorgenommen. Der erwartete Anstieg von hunderten von Genomen von mehreren verwandten Arten, werden es jedoch erforderlich machen effiziente Prozeduren zu entwickeln, um auch diese große Anzahl von Genomen in derartige Studien einzubeziehen.
Während der Laufzeit von TBG werden wir weitere taxonomische Gruppen einbeziehen, insbesondere Invertebraten, deren Genome für Studien der Vergleichenden Genomik zugänglich gemacht werden.
TBG GENOMIC STATS:
De novo genomes | 3 |
Re- sequenced genomes | 6 |
Total genomes: | 9 |
Total data: | 0,751 Tera bases |
SPECIES INVOLVED:
SPECIES: | Date (due) | NCBI | Coverage Quality (planned) | |
Giraffes: | 01.01.18 | Yes | 15x | re-sequence |
Northern giraffe (Giraffa camelopardalis) Nubian | 01.01.19 | No | (15x) | re-sequence |
Northern giraffe (G. camelopardalis) Rothschild’s | 01.01.19 | No | (15x) | re-sequence |
Northern giraffe (G. camelopardalis) West African | 01.01.19 | No | (15x) | re-sequence |
Reticulated giraffe (G. reticulata) | 01.01.19 | No | (15x) | re-sequence |
Masai giraffe (Gi. tippelskirchi) Masai | 01.01.19 | No | (15x) | re-sequence |
Masai giraffe (G. tippelskirchi) Luanga Valley NP | 01.01.19 | No | (15x) | re-sequence |
Southern giraffe (G. giraffa) Angolan | 01.01.19 | No | (100x) | de-novo (gold) |
Southern giraffe (G.a giraffa) South African | 01.01.19 | No | (15x) | re-sequence |
Bears: | ||||
Syrian brown bear (Ursus arctos syriacus) male | 01.07.18 | No | (20x) | re-sequence |
Syrian brown bear (Ursus arctos syriacus) female | 01.07.18 | No | (20x) | re-sequence |
Kamchatka brown bear (Ursus arctos beringianus) | 01.07.18 | No | (20x) | re-sequence |
Wales: | ||||
NA right whale (Eubalena glacialis) | 06.04.18 | Yes | (10x) | re-sequence |
Sei whale (Balaenoptera borealis) | 06.04.18 | Yes | (10x) | re-sequence |
Sei whale (Balaenoptera borealis) | 06.04.18 | Yes | (10x) | re-sequence |
Blue whale (Balaenoptera musculus) | 06.04.18 | Yes | (30x) | re-sequence |
Humpback whale (Megaptera novaeangliae) | 06.04.18 | Yes | (10x) | re-sequence |
Fin whale (Balaenoptera physalus) | 06.04.18 | Yes | (100x) | de-novo (gold) |
Minke whale (Balaenoptera acutorostrata) | 06.04.18 | Yes | (10x) | re-sequence |
Gray whale (Eschrichtius robustus) | 06.04.18 | Yes | (10x) | re-sequence |
Gray whale (Eschrichtius robustus) | 06.04.18 | Yes | (10x) | re-sequence |
Hippopotamus (Hippopotamus amphibius) | 06.04.18 | Yes | (60x) | de-novo gold |