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Strategien zur Optimierung der Genflussanalyse in der Artbildung am Beispiel von Giraffen, Bären, Walen und Seehunden 

Axel Janke

ZUSAMMENFASSUNG
In diesem Projekt werden wir die Genome mehrerer Säugetiere sequenzieren, um zu untersuchen wie sich Arten auf der Sequenz-Ebene unterscheiden. Besonders Methoden wie D-stat, Phylonet, D-foil, CoalHMM werden zeigen, wie vergangener und aktueller Genfluss oder sein Fehlen die Artbildung beeinflussen.

Zu Beginn werden wir uns auf bereits laufende Projekte mit Giraffen, Bären und Seehunden konzentrieren. Für diese taxonomischen Gruppen ist der Genfluss dokumentiert bzw. er wird angenommen. Die neuen Erkenntnisse werden auch mit Hilfe von alternativen Darstellungen von evolutiven Prozessen, wie z.B. Netzwerken anstelle von bifurkalen Bäumen, untersucht.
Bislang wurden Studien der Vergleichenden Genomik nur mit einigen wenigen Individuen vorgenommen. Der erwartete Anstieg von hunderten von Genomen von mehreren verwandten Arten, werden es jedoch erforderlich machen effiziente Prozeduren zu entwickeln, um auch diese große Anzahl von Genomen in derartige Studien einzubeziehen.
Während der Laufzeit von TBG werden wir weitere taxonomische Gruppen einbeziehen, insbesondere Invertebraten, deren Genome für Studien der Vergleichenden Genomik zugänglich gemacht werden.

TBG GENOMIC STATS:

De novo genomes 3
Re- sequenced genomes 6
Total genomes: 9
Total data: 0,751 Tera bases

 

SPECIES INVOLVED:

SPECIES: Date (due) NCBI Coverage Quality (planned)  
Giraffes: 01.01.18 Yes 15x re-sequence
Northern giraffe (Giraffa camelopardalis) Nubian 01.01.19 No (15x) re-sequence
Northern giraffe (G. camelopardalis) Rothschild’s 01.01.19 No (15x) re-sequence
Northern giraffe (G. camelopardalis) West African 01.01.19 No (15x) re-sequence
Reticulated giraffe (G. reticulata) 01.01.19 No (15x) re-sequence
Masai giraffe (Gi. tippelskirchi) Masai 01.01.19 No (15x) re-sequence
Masai giraffe (G. tippelskirchi) Luanga Valley NP 01.01.19 No (15x) re-sequence
Southern giraffe (G. giraffa) Angolan 01.01.19 No (100x) de-novo (gold)
Southern giraffe (G.a giraffa) South African 01.01.19 No (15x) re-sequence
Bears:        
Syrian brown bear (Ursus arctos syriacus) male 01.07.18 No (20x) re-sequence
Syrian brown bear (Ursus arctos syriacus) female 01.07.18 No (20x) re-sequence
Kamchatka brown bear (Ursus arctos beringianus) 01.07.18 No (20x) re-sequence
Wales:        
NA right whale  (Eubalena glacialis) 06.04.18 Yes (10x) re-sequence
Sei whale (Balaenoptera borealis) 06.04.18 Yes (10x) re-sequence
Sei whale (Balaenoptera borealis) 06.04.18 Yes (10x) re-sequence
Blue whale (Balaenoptera musculus) 06.04.18 Yes (30x) re-sequence
Humpback whale (Megaptera novaeangliae) 06.04.18 Yes (10x) re-sequence
Fin whale (Balaenoptera physalus) 06.04.18 Yes (100x) de-novo (gold)
Minke whale (Balaenoptera acutorostrata) 06.04.18 Yes (10x) re-sequence
Gray whale (Eschrichtius robustus) 06.04.18 Yes (10x) re-sequence
Gray whale (Eschrichtius robustus) 06.04.18 Yes (10x) re-sequence
         
Hippopotamus (Hippopotamus amphibius) 06.04.18 Yes (60x) de-novo gold